Специфичен растителен и животински свят има в териториите от Защитена зона „Етрополе-Байлово“ – (BG0001043) SCI, попадащи в границите на общината.
Около 39% от територията на общината попада в границите на Защитена зона „Етрополе – Байлово“. Покрита основно от горска растителност, тя е важен коридор за преминаване на кафявата мечка, който свързва горските масиви на Стара планина с тези на Средна гора и Рило-Родопския масив. Вероятно този коридор се използва и от вълка. В зоната се срещат редица ендемични растения, както и такива, включени в Червената книга или други списъци от консервационно значение. В зоната е открита Обикновена пърчовка или още Змийски език (Himantoglossum caprinum) – рядък вид орхидея, включен в Приложение ІІ на Директива 79/409/EEC.
Защитена местност „Пантата“ се намира в североизточната част на общината в землището на с. Стъргел. Обявена е през 1976 г. с цел опазване на територия с характерен ландшафт, който е резултат на хармонично съжителство на човека и природата. През 2003 г. е прекатегоризирана от историческо място на защитена местност със заповед на министъра на околната среда и водите. Тук се срещат значителен брой видове животни, включени в Приложение І на Директивата за птиците 79/409/EEC и Приложение ІІ на Директива за местообитанията 92/43/EEC: Безгръбначни животни – ручеен рак, обикновен сечко, Бръмбар рогач, Буков сечко, Алпийска розалия.
Някои от тях са част от международния червен списък на IUCN (International Union for Conservation of Nature – Международния съюз за защита на природата). От особена важност е ловният сокол, който е застрашен в световен мащаб. Състоянието на 7 вида животни е определено като „уязвимо“, а на други 6 като „потенциално застрашено“, какъвто е случаят с прилепите в манастирските пещери край с. Байлово.